Se subdivide en 23 barrios ( -ku); 26 ciudades ( -shi); un distrito ( -gun) subdividido en tres pueblos ( -chō o -machi) y una villa (-son o -mura); y cuatro subprefecturas ( -shichō) subdivididas en dos pueblos y siete villas, que representan a varias pequeñas islas al sur de Honshu que se extienden más allá de 1.800 km de Shinjuku, capital de la metrópoli y sede de la gobernación. El centro de Tokio, con sus 23 barrios, ocupa un tercio de la metrópoli, con una población cercana a los 8.340.000 habitantes; esta área es lo que se conoce internacionalmente como la ciudad de Tokio. Su área metropolitana posee 35,6 millones de habitantes (2009), siendo la mayor aglomeración urbana del mundo.
Historia de Tokio
A pesar de que desde tiempos antiguos existían pequeñas poblaciones y templos en las colinas cercanas a la bahía de Tokio, se considera que la fundación formal de Tokio fue en 1457, cuando un vasallo del clan Uesugi, Ōta Dōkan construyó el Castillo Edo (Edo-jō); así el área que rodeaba el castillo se comenzó a llamar Edo (, literalmente «estuario»). El shogunato Tokugawa, que había tomado el castillo en 1590 y que tenía el control casi absoluto del Japón, estableció su gobierno en Edo en 1603, hecho que dio inicio al Período Edo en la historia japonesa. La nobleza, junto con el Emperador del Japón, permanecieron en Kioto, que siguió siendo la capital oficial, aunque sólo de manera protocolar.
Edo sufrió innumerables desastres, entre los que se encuentran centenares de incendios, destacándose el Gran Incendio de Edo (Edo Taika) de 1657, donde murieron alrededor de cien mil personas. La razón de los constantes incendios era que todas las viviendas de Edo eran machiya o viviendas urbanas de madera. Otros desastres que sufrió Edo fueron la erupción del monte Fuji en 1707, el Terremoto del Gran Edo en 1855 y otros terremotos menores en 1703, 1782 y 1812.
A fines de 1868, con el ocaso del shogunato en todo el Japón y el inicio de la Restauración Meiji, el Emperador se mudó al Castillo Edo, convirtiéndolo en el gran Palacio Imperial de Japón y estableció allí mismo el cambio de nombre de Edo a Tokio, “la capital del este”. Sin embargo, el Emperador no dejó sentado de manera legal que Tokio era la nueva capital de Japón, por lo que se cree popularmente que Kioto sea aún la capital oficial o co-capital del país. En 1871 se abolieron los han o feudos, y formalmente se crearon las prefecturas, entre ellas la prefectura de Tokio; y al año siguiente la prefectura se expandió al área ocupada por los 23 Barrios Especiales que actualmente posee.
El Gran terremoto de Kantō golpeó Tokio en 1923, con un saldo de aproximadamente 143.000 personas fallecidas. Tras la tragedia se inició un plan de reconstrucción que no pudo ser completado debido a su alto costo. A pesar de esto, la ciudad continuó su desarrollo hasta el comienzo de la Segunda Guerra Mundial. En 1936 se inauguró el edificio de la Kokkai (Dieta de Japón); también en ese mismo año ocurrió el Incidente del 26 de febrero, en el que 1.500 oficiales del ejército japonés ocuparon el edificio de la Kokkai, el Kantei (Residencia del Primer Ministro) y otros lugares de Tokio en un intento de golpe de Estado, que fue sofocado tres días después.
En 1943 la prefectura y la ciudad de Tokio se unieron para formar la Metrópolis de Tokio (Tōkyō-to), también conocida simplemente como Tokio, que en ese momento consistía en 35 barrios. A partir de esta fecha no existe ciudad en Japón que se llame Tokio.
Durante la Segunda Guerra Mundial, Tokio fue intensamente bombardeada a partir de 1942 hasta 1945. A causa de esto, en 1945 la población de Tokio era la mitad que en 1940. Al terminar la guerra, en septiembre de 1945, Tokio fue ocupada militarmente y pasó a ser gobernada por las Fuerzas Aliadas. El general Douglas MacArthur estableció los cuarteles de la ocupación en lo que ahora es el edificio DN Tower 21 (anteriormente conocido como Dai-Ichi Seimei), frente al Palacio Imperial. En la segunda mitad del siglo XX, Estados Unidos aprovechó a Tokio como un centro importante de logística durante las guerras de Corea y Vietnam. En la actualidad, aún permanecen bajo control estadounidense la Base Aérea de Yokota y algunas pocas instalaciones militares menores.
En los años siguientes Tokio creció en extensión; fueron devueltas a Japón las islas Ogasawara en 1968 y la Base Aérea de Tachikawa en 1977. Durante la década de 1970 hubo una migración masiva hacia las ciudades, y hacia Tokio en especial. En 1978 se inauguró el Aeropuerto Internacional de Narita, que prestó apoyo para el Aeropuerto Internacional de Tokio, el cual serviría principalmente a vuelos nacionales. La gran población en Tokio (que se convirtió en la ciudad más poblada del mundo en 1965) derivó en una burbuja económica que se inició en 1986 y explotó en 1990, causando una recesión durante toda esa década, llamada también la década perdida (ushinawareta jūnen).
El 20 de marzo de 1995 la ciudad concentró la atención de los medios internacionales tras el atentado terrorista del culto Aum Shinrikyo en el sistema de trenes subterráneos de Tokio. En él murieron doce personas y miles resultaron afectadas por el gas nervioso Sarín.
A pesar de eso, Tokio continuó creciendo; en 1991 se construyó el Tōchō o Edificio de la Gobernación Metropolitana de Tokio y en 1993 se inauguró el Rainbow Bridge sobre la bahía de Tokio. Esto condujo a que Tokio sea una de las ciudades más dinámicas del planeta con una amplia gama de actividades sociales y económicas, en conjunto con el boom de inversiones a finales del siglo XX, probablemente el mayor que se haya conocido en la historia. Como resultado, la ciudad cuenta con una mayor cantidad de edificios modernos que Londres o Nueva York. También en Tokio se han ejecutado proyectos para ganar tierras al mar. Aunque esta práctica se realiza desde hace varios siglos, en la actualidad se ejecuta a gran escala; entre estas áreas sobresale Odaiba. Otros proyectos urbanos recientes incluyen el Jardín de Ebisu, la isla Tennozu, el Shiodome, Roppongi Hills y Shinagawa.